Код программы:

#!/usr/bin/perl                              # используйте -T для CGI-скриптов
  $SIG{ALRM} = sub { die "$0 timed out" };     # эти 2 строки не работают под
  alarm 900;                                   # Windows, но они необязательны
  use strict;                                  # спасает от глупых ошибок
  use Fcntl;                                   # O_EXCL, O_CREAT и O_WRONLY
  use CGI       qw (:standard);                # читайте "perldoc CGI"
  use CGI::Carp qw (fatalsToBrowser);          # вывод ошибок к browser-у
  $CGI::POST_MAX = 131072;                     # максимальный ввод = 128 KB
  my $foto = param ('foto');                   # имя файла и одноврем. handle
  my $DIR  = '/home/alex/pics'                # не забудьте "chmod 777 pics"
  my $JS   = "                                   // JavaScript-функция для пред-
                                                 // варительной проверки формы
  function check (form)
  {
      if (form.elements['foto'].value.length < 4)// foto должно быть заполнено
      {
          alert ('A gde zhe foto?');             // показать JavaScript-окошко
          form.elements['foto'].select ();       // выделить текст в поле foto
          form.elements['foto'].focus ();        // и прыгнуть туда курсором
          return false;                          // false запретит browser-у
      }                                          // отправлять данные к серверу
      return true;                               // все OK - можно отправлять
  }";
  print header (-type  => 'text/html; charset=koi8-r'),
        start_html (-title  => 'МИСС ИHТЕРHЕТ',    # напечатать заголовок и $JS
                    -script => $JS);
           
  # regex внизу проверяет, есть ли .gif или .jp(e)g в конце и кладет имя
  # файла в $1
  if ($foto !~ /([\w-]+ \. (?: gif | jpe?g ))$/ix) #только имя,путь выкидывается
  {
      print h1 ('Отправьте нам фото!'),            #start_form работать не будет
            start_multipart_form (-onsubmit => 'return check (this)'),
            filefield (-name => 'foto'),
            submit (-value => 'Go baby go!'),      # напечатать форму с кнопкой
            end_form;                              # напечатать
  }
  # Этот скрипт никому не мешает вводить мусор (например xxxx.gif) в поле foto,
  # что приведет к созданию пустых файлов; если это Вас беспокоит, установите
  # новую версию CGI.pm и прочтите
  # http://stein.cshl.org/WWW/software/CGI/#upload
  elsif (not sysopen FILE, "$DIR/$1", O_EXCL | O_CREAT | O_WRONLY, 0444)
  {
      print h1 ("Hе могу создать $DIR/$1: $!"); # ошибка или такой файл уже есть
  }
  # Портятся файлы при посылке? См. ниже!
  else                                           # все в порядке - файл создан
  {
      binmode FILE;                              # включить binmode для Windows
      print FILE while (<$foto>);                # и скопировать данные в файл
      close FILE;
      print h1 ('Сердечное Вам спасибо!');       # воспитывать как собак Павлова
  }
  print end_html;                                # напечатать

Если закачка некоторых файлов происходит с глюками - видимо, файл  перекодируется на лету русским апачем.
Варианты решения:
1.запретите  все  перекодировки  для  скрипта,  который  разбирает FileUpload,  например таким способом: CharsetDisable On  и делайте перекодировку сами.
2.Используйте директиву CharsetRecodeMultipartForms, которая появилась в PL23, но  при  этом  вам  все равно  придется перекодировать вручную текстовые части запросов.  Для этого можно использовать Russian Apache API, доступное в других модулях или Russian Apache Perl API, доступное из mod_perl.